一、出现的原因不同
工程预算缺项施工过程中又出现了新的清单而导致预算缺项。而漏项是没有列上预算而遗漏的分部分项工程项目。
二、缺项与漏项后处理的方式不同
工程预算缺项以施工单位为主会同建设单位根据图纸的要求，按照国家现行的技术规范、操作规程和质量标准提出工料公析，制定报地、市审核批准后执行，并抄报省标准备案。
预算漏项影响到预算价值的正确计算，因项目短缺而造成工程造价的不实。在审查工程预算，发现预算漏项时，要予以增列，以正确确定单位工程预算费用。
三、施工图是否存在的该项目不同
工程预算缺项是做预算时，施工图没有对应项目，施工过程中增加的。工程预算漏项做预算时施工图中有对应项，但预算漏了。
