一、生物学分类不同
1、马口鱼：马口鱼是初级淡水鱼类，因口形酷似马口而得名，在生物学分类上属于动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、鲤形目、鲤科、马口鱼属小型淡水鱼类的统称。
2、溪石斑：溪石斑一般是指光唇鱼，别称石斑鱼、罗丝鱼等，在生物学分类上属于动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、光唇鱼属小型淡水鱼类的统称。
二、形态特征不同
1、马口鱼：马口鱼体延长、侧扁，头大且圆，腹部圆，尾柄细，吻短，口大，上下颌边缘凹凸似马口，口角具1对短须，鳞细密，背鳍小，胸鳍长，腹鳍小，臀鳍发达，尾鳍深叉形，背部呈灰褐色，腹部呈灰白色，体中轴有蓝黑色纵纹。
2、溪石斑：溪石斑体细长、侧扁，头后背部稍隆起，腹部圆而呈浅弧形，吻圆钝，口马蹄形，口角具须2对，鳞中等大，背鳍外缘近于平截，胸鳍鳞小，腹鳍基底具长形腋鳞，体背呈灰褐色，体侧具横带6条，下侧面淡黄色，腹面白色。
