1、生长环境不同。
黄花鱼生于东海中，广泛分布于北起黄海南部，经东海、台湾海峡，南至南海雷州半岛以东。
黄姑鱼是近海暖温性中下层经济鱼类，分布于中国沿海、朝鲜、日本南部。
2、体型不同。
黄花鱼，体长约30余厘米，近长方形而侧扁，头大而侧扁，吻圆钝。上、下颌相等，唇薄；上颌骨能伸缩。
黄姑鱼，长一般为20~25厘米，呈长椭圆形，侧扁，头中大，吻短钝。下颌稍短于上颌。两颌齿细小，上颌外行齿及下颌内侧齿较大。
3、颜色不同。
黄花鱼，体背侧灰黄色，下侧金黄色；背鳍及尾鳍灰黄色，胸鳍、腹鳍及臀鳍为黄色。 多活动于海水中下层，有洄游习性。
黄姑鱼，体灰橙色，体侧有许多灰黑色波状条纹，斜向前下方，在侧线上下方不连续，腹面银白色。背鳍灰橙色，每鳍条基部有1黑色小点。胸鳍、腹鳍及臀鳍淡橙色，基部均带红色。尾鳍橙色。
