光学显微镜能看到的是显微结构，如细胞壁、液泡、叶绿体、线粒体（经健那绿染色）细胞核（其中染色体经染色在分裂期可观察到）等。
电子显微镜看到的是亚显微结构，如细胞膜、一些微小的细胞器等。
拓展：
电子显微镜和光学显微镜的区别主要有下面五点：
1．光学显微镜（以下简称光镜）使用可见光作为光源，而电子显微镜（以下简称电镜）利用高能短波长电子束代替可见光。
2．光镜的聚焦镜使用光学学镜片，电镜则使用电磁透镜。
3．成像系统不同。
4．放大倍数不同，光镜一般最大能放大到2000x，电镜则可高达数十万倍。
5．光镜仅能观察到表面微细结构，电镜可获取晶体结构、微细组织、化学组成、电子分布情况等。
