肽键是一分子氨基酸的α－羧基和一分子氨基酸的α－氨基脱水缩合形成的酰胺键，即-CO-NH-。氨基酸借肽键联结成多肽链。是蛋白质分子中的主要共价键，性质比较稳定。它虽是单键，但具有部分双键的性质，难以自由旋转而有一定的刚性，因此形成肽键平面，则包括连接肽键两端的C═O、N－H和2个C共6个原子的空间位置处在一个相对接近的平面上，而相邻2个氨基酸的侧链R又形成反式构型，从而形成肽键与肽链复杂的空间结构。
氢键通常是一种缺电子的氢原子与富电子原子或原子团之间的一种弱相互作用，是一种永久偶极之间的作用力，与范德华力较为接近。通常情况下, 氢键可以表示为“X-H...Y” , 其中X 和Y 一般都是电负性较大的元素，且Y 原子有一对以上的孤对电子，X —H 称为质子供体(proton donor)，Y称为质子受体(proton acceptor)。氢键既可以是分子间氢键，也可以是分子内的。其键能最大约为200kJ/mol，一般为5-30kJ/mol，比一般的共价键、离子键和金属键键能要小，例如将通过煮沸可以破坏掉水中的氢键，但无法破坏共价键，但氢键键能强于静电引力。
