首先通过洗刷海区中海藻等物体的表面获得含底栖硅藻的海水，再将透明的片状pvc波纹板(厚1mm，33cm×40cm)置于此底栖硅藻海水中完成接种，接种于波纹板上的底栖硅藻经过数十天的培养即可用于采苗。也有部分企业将上一年在波纹板上培育的底栖硅藻保存至下一年，作为藻种洗刷下来，过滤后接种到波纹板上再次使用。两种方法的优点是能快速获得大量的底栖硅藻，在海珍品苗种规模化生产中使用，缺点是硅藻种类及组成不确定，不能保证硅藻质量。
单种的底栖硅藻较容易获得，将筛选出的具有不同特征的优良单种底栖硅藻规模化扩培，然后按需求将不同单种合理搭配，规模化培养优良混合藻种，对海珍品苗种生产具有很大的实际意义。目前单种的底栖硅藻的保种方法主要有固体培养基保存、液体培养基保存和固定化保存三种。其中固体培养基保存是将底栖硅藻接种于含营养盐的琼脂培养基上，液体培养基保存是将底栖硅藻接种于含有液体培养基的培养容器底部或内壁，固定化保存主要是利用褐藻酸钠制备胶珠，使底栖硅藻附着于胶珠上生长
