首先是搅拌，在培养光合细菌中，保持菌液处于动态有利于菌细胞的上浮获得光照，促进菌细胞的良好生长。实践证明，动杰下培养的菌液浓度要高于静止培养的菌液浓度。通常采用人工定期搅拌或用密封循环泵使培养液缓慢循环流动。
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然后，调节光照，光合细菌多数利用接近红外线700~900纳米的射线，一般用25~60 瓦的普通电灯泡即可满足。光照强度不同，菌种要求不同，一般通过控制灯泡与菌液面的距离来调节，通常控制在15~25 厘米。当然，太阳光最好，且无需成本。调节温度一般现在菌种的培养温度最佳范围为25~34*C (适应范围15~40*C)。温度低于15%C生长缓慢，菌液颜色发暗，沉淀增多。
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然后，进行测定酸碱度，由于培养过程中，菌体要利用培养液中的有机酸，造成酸碱度上升。因此，每天至少测定1~2 次酸碱度，最初每天可测定1次，以后几天可增加测定1次。
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然后，敌害生物的控制,敌害生物的控制主要采取预防为主，主要预防措施有: 选择清洁的水，并严格杀菌消毒处理。选择优质菌种。老化的光合细菌活性较差，菌液内的有害代谢物质较多。
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然后，菌种应选用浓度高、活性强、杂菌少、鲜紫红色的菌液。优势接种量，保持数量优势。大规模生产过程中，由于水源、容器及空气中的杂菌是不可排除的，因而应加大接种量使光合细菌占绝对优势，这样才能培养出高质量的菌液。
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最后，光合细菌含量高了，还能释放抑菌酵素，抑制一些杂菌的生长。实践证明，生产性培养正常的接种量应不低于1: 5,即菌种1份(30亿级)，培养液5份; 接种条件不好时，接种量应不低于1: 1。选择适当的培养基，也是保持数量优势的重要措施。
