尽管三峡大坝阻断了鱼儿正常洄游的路径，但是长江鱼类生态保护还得继续，而关于鱼类的保护问题则主要是通过珍稀特有鱼类驯养救护中心、修建珍稀和特有鱼类自然保护区、增殖放流以及生态调度试验制造“人造洪峰”促进中下游包括“四大家鱼”在内的鱼类自然繁殖等方式来维护长江流域鱼类种族规模。
意识到大坝对于鱼类洄游的截断，鱼类无法回到上游产卵，整个物种都将受到威胁。因此三峡集团组建了以中华鲟研究所为基础的水电开发水生生物资源保护研究平台，对长江珍稀鱼类进行研究和繁殖保护，每年向长江中放流包括中华鲟、达氏鲟、胭脂鱼、长薄鳅、岩原鲤、中华倒刺鲃、厚颌鲂等鱼类。
