牡丹江医学院有基础医学院、医学影像学院、药学院、口腔医学院、卫生管理学院、护理学院、公共卫生学院、成人与继续教育学院、马克思主义学院、生命科学学院（医药研究中心）、体育教研部、外语教研部等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。
基础医学院
医学影像学院
药学院
口腔医学院
卫生管理学院
护理学院
公共卫生学院
成人与继续教育学院
马克思主义学院
生命科学学院（医药研究中心）
体育教研部
外语教研部
牡丹江医学院是黑龙江省属普通本科医药院校，是黑龙江省特色应用型本科高校建设单位、中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校，2015年在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期。
学校创建于1958年，历经了牡丹江医学院（1958—1962年）、牡丹江卫生学校（1962—1978年）、牡丹江医学专科学校（1978—1986年）、牡丹江医学院（1986年—）等历史时期，2013年获得硕士学位授予权。
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