菏泽医学专科学校有临床医学系、护理系、药学与检验系、基础医学部、思想政治理论教学部、口腔医学系、医学技术系、健康管理系、中医药系、公共教学部等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。
临床医学系护理系药学与检验系基础医学部思想政治理论教学部口腔医学系医学技术系健康管理系中医药系公共教学部
菏泽医学专科学校（Heze Medical College）位于中国牡丹之都——山东省菏泽市，是一所由山东省人民政府举办的省属公办全日制普通高等专科学校。
菏泽医学专科学校的前身是1950年经国务院批准建立的平原省卫生学校；1958年，更名为菏泽地区医学专科学校，后又历经山东省菏泽地区卫生学校、山东省菏泽地区医学专科学校、山东省菏泽地区卫生学校等办学时期；1978年经国务院批准，更名为菏泽医学专科学校。
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