公司注销股东不配合可以通过转让股份退出公司，公司经营严重困难继续存续会使股东利益受到重大损失且通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东可以请求人民法院解散公司。
《公司法》第一百八十二条
公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。
第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
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