员工职务侵占的，公司不可以直接去人民法院提起刑事自诉。因为职务侵占罪属于公诉案件，所以公司应该向公安机关进行报案，由公安机关立案侦查，人民检察院提起公诉。
职务侵占罪，是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
构成职务侵占罪的，可以追究行为人的刑事责任和民事赔偿责任。如果行为人主动归还赃款并且请求获得受害人的谅解，或者提前归还赃款都可以进行一定程度的从宽量刑。
《刑法》第二百七十一条
公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
职务侵占罪 属于公诉案件，由人民检察院向人民法院提起公诉。《 刑事诉讼法 》第一百七十六条规定，人民检察院认为 犯罪嫌疑人 的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判 管辖的规定 ，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送 认罪认罚具结书 等材料。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
职务侵占是指如果公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有的行为就将构成职务侵占罪。刑事案件分为自诉案件和公诉案件，公诉案件是由人民检察院提起公诉，人民法院法院审判的案件，自诉案件是由自诉人起诉，人民法院审判的案件。职务侵占罪不在自诉案件范围之内，属于公诉案件，检察院会代表国家公权力，起诉当事人。依据相关法律规定：公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在五千元至一万元以上的，应予立案追诉当公司发现职务侵占的情况，达到刑事立案标准时，公司可以报警立案，报警时向公安机关提供犯罪嫌疑人的身份信息及犯罪事实证据。立案后处理流程一般分为侦查、审查起诉、审判三个阶段。普通的刑事案件至少要六个月才有结果，复杂的刑事案件可能一年多才会有判决结果。
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
职务侵占构成犯罪的能到法院诉讼。职务之便侵占所在单位财物的被认定为职务侵占罪的，当事人可以自诉也可以要求检察院提起公诉，追究对方的刑事责任和民事赔偿责任。
《刑法》第二百七十一条
公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。职务侵占罪由公安机关侦查然后移交到检察院提起公诉，一般在一个月内向法院提起公诉。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十六条人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
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