主合同和补充协议之间的关系有：补充协议是对原合同内容的补充或者变更，不影响原合同的有效性，补充协议条款与原合同内容不一致或发生冲突的，以补充协议为准。
《民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
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