公司股东纠纷法律程序如下：双方可以利用协商的方式进行解决，可以通过请第三方的调解机构处理双方的纠纷，无法解决的可以利用诉讼的方式进行解决，保障自己的权益。
《公司法》第一百五十二条
董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。
第一百八十二条
公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。
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