擅自发行股票、公司、企业债券罪立案标准是：未经国家有关主管部门批准，擅自发行数额在五十万元以上的、不能及时清偿或者清退的、虽未达到上述数额标准但擅自发行致使三十人以上的投资者购买股票或者公司债券的，应予立案追诉。
《刑法》第一百七十九条
未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
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