公平交易权与自主选择权之间的区别包括有：公平交易权指在交易过程中各方所处的地位平等且利益相当，消费者可以自由决定是否进行交易；自主选择权则为一定行为，也可以不为一定行为的权利，属于可以放弃的权利。
《中华人民共和国消费者权益保护法》第九条消费者享有自主选择商品或者服务的权利。
消费者有权自主选择提供商品或者服务的经营者，自主选择商品品种或者服务方式，自主决定购买或者不购买任何一种商品、接受或者不接受任何一项服务。
消费者在自主选择商品或者服务时，有权进行比较、鉴别和挑选。
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