有限合伙股权投资后的纳税方式：合伙人应按照合伙协议约定的分配比例来缴税款纳。如果协议无约定的，按照合伙人协商的分配比例来缴纳。如果协商不成的，按照实缴比例来纳税。如果出资比例不能确定的，则按照合伙人数量平均纳税。
《税收征收管理法》第三十五条
纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置帐簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设置的；
（三）擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定。
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