企业注销进项税的，可以通过以下方式做账务处理：企业可以通过做增值税转出进项税金的方式，让企业对该部分税款表示放弃，这样可让增值税折抵进项税，以此处理进项税。或者企业可以做一笔无票收入，让增值税等于或略大于进项税，平进平出不交增值税或者交少量增值税，这样也能将进项税折抵干净。
《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》第六条一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题。一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
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