无效货运合同纠纷的处理方式为行为人因该合同取得的所有财产，若是能够返还的应当全部返还，若是不能返还或者没有必要返还的，应当折价进行补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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