公司注销进项税的账务处理方式：公司可做增值税，转出进项税金，让公司主动放弃这部分税款，这样可以有效让增值税留抵的进项税金，进项税金也可以借此处理干净。或者是可以做一笔无票收入让增值税销项税金等于或略大于留抵的进项税金，平进平出不交增值税，这样也能让公司的进项税消化干净。
《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》六
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
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