借款合同不能直接在本金中扣除利息。借款利息一般是在借款期限届满时或者合同履行期间按照约定分批偿付给贷款人，在本金中预先扣除的，借款人只需按照实际借款数额返还借款并支付相应利息。
《中华人民共和国民法典》第六百七十条借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。
《中华人民共和国民法典》第六百七十四条借款人应当按照约定的期限支付利息。对支付利息的期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定，借款期间不满一年的，应当在返还借款时一并支付；借款期间一年以上的，应当在每届满一年时支付，剩余期间不满一年的，应当在返还借款时一并支付。
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