合同有效但不能履行的处理如下：
1、当事人可以行使抗辩权并采取保全措施；
2、合同有效成立后因不可归责于双方当事人的原因发生情势变更致使合同不能按照原约定履行的，可以变更合同内容或者解除合同。
《民法典》第五百八十条
当事人一方不履行非金钱债务或者履行非金钱债务不符合约定的，对方可以请求履行，但是有下列情形之一的除外：
（一）法律上或者事实上不能履行；
（二）债务的标的不适于强制履行或者履行费用过高；
（三）债权人在合理期限内未请求履行。
有前款规定的除外情形之一，致使不能实现合同目的的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求终止合同权利义务关系，但是不影响违约责任的承担。
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