房屋合同的补充协议有效。补充协议的效力与房屋合同并无二致，两者具备相同的法律效力，特殊情况补充协议比房屋合同更具说明性以及说服力。当补充协议与房屋合同发生矛盾或者冲突时，一般按照签约时间在后所约定的合同内容或者合同条款为执行准则。
《中华人民共和国民法典》第五百零九条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
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