交纳违约金之后合同销毁不一定可以。双方分别持有的合同均被销毁的，如已实际履行视为事实合同关系，合同持续有效，交纳违约金不等同于合同解除、不等同于终止合同关系。
《民法典》第四百六十五条
依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
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