公司故意写低合同工资是不合法的。用人单位应实行同工同酬，合同工资不得低于当地公布的最低工资标准。实发工资与约定工资不符故意写低合同工资可以降低五险一金的缴纳比例，减少税务缴纳，面对裁员减薪时公司可能趁机压低工资，员工权利难以受到保障。
《劳动法》第四十六条
工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。
第四十八条
国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，抱国务院备案。
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