处理企业法人非法集资案件的程序是报警，提供相应材料进行立案，之后进入刑事程序。根据相关法律规定，企业法人进行刑事犯罪，参与其中的股东或者是相关人员也应当承担刑事责任。
《公司法》第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第四条
公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
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