分公司不配合注销，总公司可以对于分公司的负责人进行处罚，或者是更换一个负责人。分公司不可以独立承担责任，因为没有法人资格，没有独立的财产权。
《公司法》第一百一十五条
公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款。
第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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