施工合同纠纷的处理方式是：协议优先；协商不成的申请基层组织进行调解；调解不成的可以向法院起诉；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。行为人可以不通过调解，直接诉讼或仲裁。
《《中华人民共和国仲裁法》》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
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