格式条款发生争议的处理方式主要如下：格式条款发生争议后，行为人应当按照通常理解予以解释；如果对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。如果格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。
《中华人民共和国民法典》第四百九十八条对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。
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