公司注册资本的合并对公司的影响是负债降低了。根据相关法律规定，公司合并后债权债务由合并后的新公司承继。被合并的公司均需注销登记。公司合并不需要进行清算。
《中华人民共和国公司法》第一百七十七条公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
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