工程合同纠纷案件拖欠工程款的处理方式有：可以先进行催告；催告后在合理期限内仍不给付的向法院起诉或向仲裁部门申请仲裁或法律其他规定或当事人其他约定等。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。
《民法典》第八百零七条
发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
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