股权转让协议纠纷管辖法院有两个。被告的住所地以及合同的履行地，根据相关法律规定，被告若是法人，则是营业执照上载明的地址为住所地。股权变更需要登记。
《民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第二十四条
因保险合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者保险标的物所在地人民法院管辖。
第二十五条
因票据纠纷提起的诉讼，由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。
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