股权转让未变更登记协议是有效的。因为登记是为了公示，为了对抗善意第三人，而不是生效要件。只要双方具有相应的民事行为能力，且双方有真实的意思表示就是有效的。
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》第一百四十四条无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
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