公司破产程序中可以申请仲裁。仲裁效力及于公司，仲裁由清算组参与。根据相关法律规定，申请仲裁一定要在合同中载明。只能约定仲裁或者是诉讼，不能有两种争议解决方式。
《中华人民共和国企业破产法》第二十条人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。
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