工程合同纠纷的处理方式是：有约定的按约定；没有约定的可以进行协商；协商不成的可以申请基层组织进行调解；调解不成的可以向法院起诉；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。行为人也可以不经过调解，直接诉讼或仲裁。
《中华人民共和国民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
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