对于没有房产证的农村房屋，一般由双方按照以下方式协商分割：
1、房屋为一方婚前建造的，如果双方没有相反约定，房屋所有权一般归房屋建造人所有；
2、房屋为双方结婚登记后，一方家庭为子女结婚居住而建造，婚后双方共同居住的，视为夫妻共同财产，如果没有其他特殊情况的，双方应平分该房屋；
3、房屋婚前已存在，属于家庭共同房产或属于一方父母的，在离婚时，双方不能对方房屋进行分割；
4、房屋为夫妻婚姻关系存续期间，家庭建造或购买并供全体家庭成员共同居住使用的，夫妻双方离婚时可以对属于夫妻财产的部分进行分割。
如果双方协商不成的，可以去不动产登记机关办理房屋产权证，并向人民法院提起诉讼，由人民法院根据房屋的具体情况进行判决。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
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