分居期间所负债务在离婚时应当确定是否是夫妻共同债务，如果是夫妻共同债务则应当由夫妻双方共同承担，由夫妻的共同财产清偿，夫妻共同财产不足以清偿的，可以由双方协商清偿。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十九条离婚时，夫妻共同债务应当共同偿还。共同财产不足清偿或者财产归各自所有的，由双方协议清偿；协议不成的，由人民法院判决。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
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