协议离婚房产证按以下流程公证：
1、当事人向房产所在地的公证处提出公证申请并提交相关材料；
2、公证员对当事人提交的证明材料进行审查，对符合条件的，予以受理；
3、申请人按照规定交纳公证费用；
4、公证员与当事人谈话，制作笔录，出具公证书。
《中华人民共和国公证法》第二十五条自然人、法人或者其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出。
申请办理涉及不动产的公证，应当向不动产所在地的公证机构提出；申请办理涉及不动产的委托、声明、赠与、遗嘱的公证，可以适用前款规定。
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