股东发生纠纷的处理方式：一般情况下，由双方协议处理，协议不成的，按照公司章程处理，公司章程没有规定的，可以通过仲裁协议进行仲裁，或协商一致申请第三方依法进行调解，仍无法处理纠纷的，应当向法院起诉处理。
《民事案件案由规定》二十一
262.股东资格确认纠纷
263.股东名册记载纠纷
264.请求变更公司登记纠纷
265.股东出资纠纷
266.新增资本认购纠纷
267.股东知情权纠纷
268.请求公司收购股份纠纷
269.股权转让纠纷
270.公司决议纠纷
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