擅自将商铺改成住宅不合法。根据相关规定，开发商如果具有报规划审批，并已经取得相关部门的审批合格的证明文件的，可以进行商改住。但是未获批准的情况下，开发商不能私自改变房屋使用性质。
《中华人民共和国民法典》第二百零九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
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