存疑不起诉的还能起诉，但前提是检察机关掌握了新证据。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，而作出的不起诉决定，是证据不足的不起诉，而不是绝对不起诉。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十八条人民检察院发现不起诉决定确有错误，符合起诉条件的，应当撤销不起诉决定，提起公诉。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百八十九条最高人民检察院对地方各级人民检察院的起诉、不起诉决定，上级人民检察院对下级人民检察院的起诉、不起诉决定，发现确有错误的，应当予以撤销或者指令下级人民检察院纠正。
存疑不起诉后需要重新起诉的必须要确定掌握了他人犯罪的证据。作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。
存疑不起诉又称证据不足的不起诉，是指依据《刑诉法》第一百七十一条第四款的规定，对于经过二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。对于经过一次退回补充侦查的案件，认为证据不足，不符合起诉条件，且没有退回补充侦查必要的，可以作出不起诉决定。证据不足的情形：
1、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的2、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的3、据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的4、根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的5、根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。存疑不起诉法定不起诉的区别在于，存疑起诉是因为证据不充足，不能够起诉。而法定不起诉，则是根据法律的规定，绝对不会在对该案件进行起诉了。两个不起诉，就差在一个绝对性上面，后者的绝对性不会受其他因素的影响再继续进行。
存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。
【法律分析】
存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。根据相关法规规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民检察院可以作出不起诉的决定。案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
(3)证据之间的矛盾不能合理排除的。
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
《全国人民代表大会关于修改《中华人民共和国刑事诉讼法》的决定》 六十四、 将第一百四十条改为第一百七十一条，第一款修改为：“人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。”第四款修改为：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
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