股权纠纷超过诉讼时效的处理方式：超过诉讼时效的，当事人仍然可以向法院起诉，主张相关权利。但若被告提出诉讼时效抗辩的，人民法院经审理认为抗辩事由成立的，应当判决驳回原告的诉讼请求。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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