宅基地加盖二层一般不会让强制拆除。但在加盖之前，当事人必须去当地的有关部门进行申请，在获得批准的情况下才可以加盖二层。如果在没有申请的情况下直接加盖二层，就属于违建，相关部门发现以后，会要求当事人在一定期限内自行拆除。
《土地管理法》第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
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