可以通过以下方式处理工程用地纠纷：
1、纠纷双方当事人可以在平等、自愿的基础上进行协商，以达成一致，解决纠纷；
2、协商不成的，当事人可以申请人民政府处理；
3、当事人对人民政府的处理决定不服的，可以向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国城乡规划法》第三十七条在城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由城市、县人民政府城乡规划主管部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，核发建设用地规划许可证。
建设单位在取得建设用地规划许可证后，方可向县级以上地方人民政府土地主管部门申请用地，经县级以上人民政府审批后，由土地主管部门划拨土地。
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