公司破产进行清算的程序是：
1、管理人拟订破产财产变价方案，通过拍卖变价出售破产财产；
2、以破产财产清偿债务；
3、拟订破产财产分配方案，分配破产财产；
4、人民法院裁定终结破产程序；
5、向破产人的原登记机关办理注销登记。
《中华人民共和国企业破产法》第一百一十一条管理人应当及时拟订破产财产变价方案，提交债权人会议讨论。管理人应当按照债权人会议通过的或者人民法院依照本法第六十五条第一款规定裁定的破产财产变价方案，适时变价出售破产财产。
《中华人民共和国企业破产法》第一百一十六条破产财产分配方案经人民法院裁定认可后，由管理人执行。管理人按照破产财产分配方案实施多次分配的，应当公告本次分配的财产额和债权额。管理人实施最后分配的，应当在公告中指明，并载明本法第一百一十七条第二款规定的事项。
《中华人民共和国企业破产法》第一百二十一条管理人应当自破产程序终结之日起十日内，持人民法院终结破产程序的裁定，向破产人的原登记机关办理注销登记。
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