农村自建房办理土地证的流程是：
1、申请人提出申请；
2、相关部门进行现场勘查；
3、初审合格的，发放住宅用地与建设申请表；
4、村委会报乡镇人民政府审核；
5、符合审批条件的，上报县人民政府；
6、县人民政府批准用地，由县国土资源局颁发建设用地批准书；
7、房屋竣工后申请登记。
《中华人民共和国土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。
依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
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