可按照以下流程办理农村自建房土地证:
1、向村委会提出申请;
2、相关部门进行现场勘查;
3、初审合格后发放住宅用地与建设申请表;
4、村委会报乡镇人民政府审核;
5、对符合审批条件的上报县人民政府;
6、县人民政府批准用地,由县国土资源局颁发建设用地批准书;
7、房屋竣工后申请登记。
《中华人民共和国土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记,依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。
依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护,任何单位和个人不得侵犯。