国有土地使用权转让合同纠纷的处理方式是：
1、发生纠纷的双方当事人可以进行协商；
2、如果协商不成的，可申请当地人民政府处理；
3、对政府处理决定不满意的，当事人可以向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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