主债务超过诉讼时效抵押权不受保护。因为抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权;未行使的,人民法院不予保护。债权已过诉讼时效未主张权利,该债权将丧失胜诉权,主权利及于从权利,抵押权作为主债权的从权利,因主权利不受保护。
《中华人民共和国民法典》第四百零九条抵押权人可以放弃抵押权或者抵押权的顺位。抵押权人与抵押人可以协议变更抵押权顺位以及被担保的债权数额等内容,但抵押权的变更,未经其他抵押权人书面同意,不得对其他抵押权人产生不利影响。