不动产登记部门不可以按面积收取登记费。《中华人民共和国民法典》规定，不动产登记机构进行不动产登记时，其登记费用应当按件收取，而不得按所登记的不动产的面积、体积或价款的比例收取。
《中华人民共和国民法典》第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
《中华人民共和国民法典》第二百二十三条不动产登记费按件收取，不得按照不动产的面积、体积或者价款的比例收取。
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